微生物室现有学生实验室、灭菌洗涤室、接种室、培养室等共4间实验室，总面积130m².实验室现有电子天平、专业电子天平、数显恒温水浴锅、台式低速离心机、生化培养箱、隔热水式培养箱、鼓风干燥箱、二氧化碳培养箱、立式压力灭菌锅、手提式灭菌锅、超净工作台、冰箱、冰柜等实验仪器设备。实验室主要承担生物科学、园林、水产、制药工程和食品工程5个专业的微生物实验，植物病虫害及防治实验，以及本科生的毕业论文的教学任务。同时也积极为全校从事微生物学基础研究的相关教师、学生的科研项目服务。